Целью организации является развитие системы фармаконадзора, охрана здоровья граждан, мониторинг безопасности лекарственных средств, анализ, оценка риска применения лекарственных средств, медицинских изделий, парфюмерной продукции, защиты прав пациентов системы здравоохранения, развитие образования и науки в области фармаконадзора и лекарственной безопасности, содействие развития системы фармаконадзора на территории Евразийского экономического союза.