Государственное автономное учреждение здравоохранения "Республиканская клиническая инфекционная больница имени профессора А.Ф. Агафонова" образовано в 2000 г. объединением Инфекционной больницы № 1 им. проф. Агафонова, Инфекционной больницы № 2 и Детской инфекционной больницы. В 1992 г. на базе Детской инфекционной больницы был организован Центр микроэкологии ребенка.
В 2006 г. состоялся переезд в новое здание стационара по адресу г. Казань, Проспект Победы, д. 83, расположенное на площади более 36000 м2. Детское отделение, находящееся по адресу г. Казань, ул. Окольная, д. 10, пока только планируется перевести в новый комплекс по Проспекту Победы, д.83
На сегодняшний день Республиканскую клиническую инфекционную больницу можно назвать большим научным центром: больница оснащена уникальным оборудованием, в ней располагаются кафедры КГМУ и КГМА, созданы прекрасные условия для пациентов, и, конечно же, в РКИБ работают лучшие специалисты в области инфекционных заболеваний.
В настоящий момент, в РКИБ развернуто 316 коек круглосуточного стационара и 40 коек дневного.
В коллективе больницы работают около 500 человек, среди них 3 заслуженных врача РТ, 2 отличника здравоохранения РТ, 1 заслуженный работник здравоохранения РТ и 6 кандидатов медицинских наук.